Arrainen gene-kodea ezagutzen

Oihane Diaz de Cerio eta Eider Bilbao

Arrainen taldeak 28.000 mila espezie inguru zituela estimatu zen 2006. urtean; gaur egun ordea, 32.800 espezie aurki daitezke FishBase datu-basean, ugaztuenen eta hezgatiek osatzen duten espezie kopuruaren bikoitza, alegia.

Azken hamarkadan genomak eta transkriptomak sekuentziatzeko metodo berriak garatu dira, bai eta sekuentzia kontsensuen antolaketa baimentzen duten programak ere. Hau da, gene-kodea aztertzea baimentzen duen tekniken iraultza gertatu da, baina ingurune urtarreko organismo askoren informazio genetikoa ezezaguna da oraindik. Teleosteoen kasuan, kladoaren dibertsitate handia kontuan harturik, ezagutzen diren arrainen genomen %0,2a baino ez da sekuentziatu edo behintzat, sekuentziatzeko asmoa dago. Trankriptoma kontuan hartzen bada ordea, arrainen %0,5 da.

perch-62855_1280
Irudia: Berriki, DNA eta RNA mailako ikerketak egiten hasi eta asko ugaritu dira arrainetan, besteak beste, eboluzioa, populazioaren genetika, ekotoxikologia, akuikultura zein arrantza bezalako arloetan.

Hala ere, arrainen gene-kodearen ezagutza azken hamarkadan esponentzialki emendatu da. Sekuentziaturiko lehenengo teleosteoaren genoma, 2002an publikatu zen. 6 urte geroago, ordea, sekuentziazio teknologia berriak erabilita, lehenengo teleosteoaren transkriptoma. Artikulu bi hauetan, “Deskodetutako arrainak: atzo, gaur eta bihar” eta “Mikrotxipak arrainetan: atzo gaur eta bihar”, gaur egun teleosteoen sekuentzia genomikoei/transkriptomikoei buruz DNA-RNA datu-baseetan dagoen informazioa laburtu da, bai eta informazio honen jakintzak dakartzan onurak azpimarratu ere. Horien artean, molekula mailako azterketetarako tresnak garatzea lortu da; hala nola, biomarkatzaile espezifiko berriak, mikrotxipak edo ingelesezko “digital gene expression” izenekoak. Hauek guztiak, hainbat arlotan diharduten bidezidorrak ulertzen laguntzen dute, besteak beste: garapenaren prozesu biologikoak, gaixotasunen disfuntzioen ezagutza, immunizazioa, elikadura, ingurumeneko aldaketen aurreko adaptazioa, ernalketa zein eboluzioa.

Orokorrean, DNA/RNA mailako informazio aberastasunak zenbat eta arrain familia ezberdin gehiago barneratzen dituen orduan eta eboluzioari buruzko informazio gehiago ezagutuko da. Zenbat eta filogeniako hutsune gehiago bete edo sekuentziatu, orduan eta errazago detektatuko dira espezie bakoitzaren ezaugarri espezifikoak, eta estres ezberdinei aurre egiteko espezie bakoitzaren berezitasunak argitzen joango dira. Honetan guztian mikrotxipek zein“RNAseq” moduko teknologia berriek lagundu dezakete gene mailako informazioa deskodetzen eta funtzionalki testatzen. Hala ere, molekula mailan ematen diren aldaketok, zelula/ehun maila baino antolaketa biologiko konplexuagoetan izango duten efektua estrapolatzea zaila da oraindik. Hori dela eta, tresna mota hauek hipotesi berriak plazaratzeko erabili izan dira nagusiki ekotoxikologian.

Mikrotxipek zehazki, arrainek estres egoeretan pairatzen dituzten geneen adierazpen aldaketak aztertzea ahalbidetu dute. Horrela, kutsatzaile eta droga askoren efektu posibleak aztertu eta hipotetizatu dira. Hala ere, ingurunean, kutsatzaileak nahastuta daude, eta zoritxarrez, nahasketa hauek eragindako aldaketen inguruko azterketak urriak dira. Ingurunean aurkitzen diren kutsatzaileen nahasketok ikerketak zaildu egiten dituzte, eta ondorioz mikrotxipek izan dezaketen erabilgarritasuna sarri kritikatu da. Hala ere, mikrotxipak gai dira lekuan lekuko kutsadurak eragin ditzakeen efektuen espektroa azaltzeko.

Mikrotxipen bidez detekta daitezkeen gene baten zein gene multzo baten transkripzio mailako gorabeherek malformazioak edo gaixotasunak ondorioztatuko dituzten baieztatzea ez da batere erreza. Hala ere, zenbat eta molekula mailako informazio gehiago izan arrainetan, sekuentziazioak, zein mikrotxipen eta RNAseq bidezko gene adierazpen mailen azterketak direla medio, kutsaduraren aurkako arrain talde sentikorrenak/erresistenteenak ezagutu ahalko dira eta informazio hau balizkoa izan daiteke ingurune kortserbazio eta errekuperazio planetarako, bai eta “toxikologia ebolutiboa” bezalako ikerketa lerro berriak irekitzeko ere.

Artikuluaren fitxa:
  • Aldizkaria: Ekaia
  • Zenbakia: 28
  • Artikuluaren izena: Deskodetutako arrainak: atzo, gaur eta bihar.
  • Laburpena:Nahiz eta genomak eta transkriptomak sekuentziatzeko metodo berriak garatu diren, ingurune urtarreko organismo askoren sekuentzia ez dugu ezagutzen oraindik. Teleosteoen kasuan, kladoaren dibertsitate handia kontuan harturik, ezagutzen ditugun arrainen %0.2aren genoma besterik ez da sekuentziatu edo sekuentziatze asmotan dago. Artikulu honen helburua, beraz, gaur egun teleosteoen sekuentzia genomikoei/transkriptomikoei buruz DNA-RNA datubaseetan dagoena laburbiltzea da, bai eta informazio honen jakintzak dakartzan onurak indartzea ere. .
  • Egileak: Oihane Diaz de Cerio eta Eider Bilbao.
  • Argitaletxea: UPV/EHUko argitalpen zerbitzua
  • ISSN: 0214-9001
  • Orrialdeak: 151-182
  • DOI: 10.1387/ekaia.13266

—————————————————–
Egileez: Oihane Diaz de Cerio eta Eider Bilbao Izaskun Alvarez UPV/EHUko Itsas Biologia eta Bioteknologia Esperimentalen ikertaldeko kideak dira.
—————————————————–
Ekaia aldizkariarekin lankidetzan egindako atala.

ekaia 28

Eman iritzia

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>